Les contrôles sont opérés par les autorités portuaires : communes, département ou le Grand Port maritime. Ces instances ont la charge de faire appliquer le règlement de la police portuaire et parfois d’installer sur ces zones des équipements légers de types corps-morts afin d’éviter le mouillage à l’ancre, délétères pour les fonds marins notamment les herbiers. Depuis 2023, le mouillage sur ces écosystèmes marins est strictement interdit.
Pour les autres dispositions inscrites dans la réglementation en ce qui concerne ces mouillages extra-portuaires, les plaisanciers doivent obtenir en premier lieu du gestionnaire, l’autorisation de s’amarrer. La durée du mouillage est alors limitée à 72 heures maximum. Une nouveauté instaurée en octobre 2024 par arrêté préfectoral Au-delà, le navire doit quitter son point d’attache et peut éventuellement revenir mais à une distance d’au moins de 300 mètres du point initial.
Plus de 120 contrôles en 2024
Pour ce qui concerne l’assainissement, qui constitue la principale source de pollution, la réglementation impose au navire d’être équipé soit de bacs de rétention soit de système de traitement des eaux usées. Leurs rejets ou ceux des fonds cale sont strictement interdits dans la bande des 3 milles nautiques. Au-delà, ils sont possibles à la condition que le bateau soit équipé d'un système de broyage et désinfection.
Pour les unités antérieures à 2008, les services de l’État imposent aux collectivités de proposer aux usagers un système de collecte des eaux usées.
En 2024, plus de 120 contrôles ont été opérés dont 60 contraventions établies mais très peu pour pollution. Cinq l’ont été pour des mouillages sur herbier. Le plus grand risque reste l’infraction à la réglementation sur le rejet des eaux usées pour lequel le contrevenant risque 4 000 euros d'amende.