Le CHU de Guadeloupe dispose de son propre séquenceur haut débit

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Formation sur la plateforme NGS
Formation sur la plateforme NGS ©O. Duflo
C'est un atout non négligeable que l'établissement de santé vient d'acquérir. Il s'agit en effet d'une plateforme NGS, un matériel qui permet par exemple de rechercher les variants Covid dans l'analyse des tests effectués. Mais elle est aussi utilisée pour la recherche sur la génétique et contre le cancer

On l'appelle "plateforme de séquençage ADN haut débit NGS, (Next Generation Sequenci). 
Derrière ces mots, c'est toute une révolution scientifique qui se met en place. La pandémie du Covid l'a rendu obligatoire puisque, jusqu'à présent, les prélèvements effectués en Guadeloupe devaient être envoyés à l'extérieur pour déterminer l'identité du variant présent dans ces prélèvements.
Mais ce n'est là que l'une des opérations qui seront désormais possible au CHUG et pour lesquelles les professionnels qui l'utiliseront sont en formation. 

©Guadeloupe

Depuis 2012, c'est progressivement que tous les établissements de santé d'envergure se dotent d'un tel instrument.

La plateforme de séquençage à haut débit (next-generation sequencing, NGS) a été créée en 2012 à l'initiative de l'Institut de Recherche Biomédicale (IMRB), centre de recherche INSERM de la faculté de médecine de Créteil, et du Pôle de Biologie et de Pathologie du Groupe Hospitalier Henri Mondor .

Plateforme NGS
. ©O. Duflo

Dès le début, il s'est avéré important de la positionner autour d'un axe microbiologique médical et de recherche. Depuis, elle a pris une place de plus en plus importante dans le développement des techniques de NGS pour le diagnostic et la caractérisation des pathogènes microbiens.
Les chercheurs pensent la faire évoluer encore plus pour favoriser :

  • Développement d'approches diagnostiques permettant de détecter n'importe quel pathogène viral, bactérien ou fongique dans n'importe quel type de prélèvement à visée diagnostique ou de recherche.
  • Développement d'approches de caractérisation des pathogènes visant à les identifier, les classer et à mettre en évidence des mutations ou des gènes d'intérêt (par exemple résistance aux anti-infectieux).

Mais aussi en raison de l'émergence constante de nouvelles infections, favorisées par la globalisation, les voyages, le réchauffement climatique, la plateforme devra aussi permettre d'établir un diagnostic pour des infections dont l'identification de pathogènes devra se faire à l'aveugle.