L'agent, identifié par la victime, a été arrêté le 15 avril, a indiqué le parquet.
Ecroué, il restera en détention au moins pendant trois mois le temps que l'enquête soit menée à son terme.
L'homme encourt jusqu'à 20 ans de prison
Il y a "suffisamment de preuves" pour qu'une peine définitive pouvant aller jusqu'à 20 ans soit prononcée lors du procès, a déclaré à la chaîne Telecinco Genaro Rincon, un membre de l'équipe assistant la victime.
La Direction générale des migrations (DGM) avait indiqué avoir ouvert une enquête le 12 avril dans le cadre de cette affaire qui s'est produite dans la province de La Altagracia, où se situe la station balnéaire de Punta Cana (est).
Selon Santiago Molina, défenseur des droits humains qui conseille la famille de la victime, des agents cagoulés de la DGM ont fait du porte-à-porte à l'aube dans le quartier où vivait la victime pour extorquer de l'argent aux Haïtiens sans papiers.
L'adolescente, seule au domicile de ses parents partis travailler, aurait été violée puis emmenée au centre de détention de la DGM, "où ils l'ont menacée de la tuer" si elle parlait, a expliqué Santiago Molina à l'AFP.
La famille avait néanmoins décidé de porter plainte.
Condamnation de la présidence
La présidence dominicaine avait condamné le viol "avec la plus grande fermeté". "Cet acte ne restera pas impuni", a déclaré le porte-parole du gouvernement, Homero Figueroa.
Le président Luis Abinader, candidat à sa réélection en mai, a fait de la lutte contre l'immigration haïtienne un thème principal de campagne.
Son gouvernement a multiplié les opérations contre les migrants sans papiers, construit une clôture sur la frontière avec Haïti et renforcé la présence militaire le long de celle-ci.
Depuis septembre, les points de passage migratoires ont été fermés alors qu'Haïti, avec lequel la République dominicaine partage l'île d'Hispaniola, s'enfonce dans la crise et la violence des gangs.