L'ancienne ministre de l'écologie restera comme la première directrice de l'ARS Mayotte qu'elle a mis en place à compter du 1er janvier 2020. L'intérim sera assuré par la secretaire générale de l'ARS, Stéphanie Fréchet.
Pour Dominique Voynet, la santé à Mayotte doit avancer sur deux pieds, le soin et la prévention. On doit donner autant d'importance à l'un qu'à l'autre. Je pense transmettre à mon sucesseur un outil qui fonctionne. Il y a encore des chantiers qui doivent être menés à bien."
Sous sa direction, Mayotte aura vécu différentes vagues de COVID-19. Le territoire se sera équipé d'un hélicoptère et d'un avion pour faciliter les évacuations sanitaires. Sous sa direction également, une partie de ses agents se seront mis en grève à plusieurs reprises. Ils ont notamment reproché à Dominique Voynet d’écarter les mahorais des postes à responsabilité.