"Les dégâts sont considérables au niveau des habitations, des routes et dans le secteur agricole. Le travail pour protéger et évacuer les familles se poursuit", a déclaré le président Miguel Diaz-Canel sur son compte Twitter.
Il a appelé la population à "demeurer extrêmement prudente" car "les pluies n'ont pas cessé et le danger" est toujours présent.
Les autorités avaient annoncé vendredi la mort par noyade d'un homme de 60 ans dans la province orientale de Granma, où plus de 7 200 habitants ont été évacués.
L'armée de l'air cubaine a porté secours à des habitants de la ville de Yara, située dans la province de Granma, pris au piège par la montée des eaux.
Des images diffusées par les médias cubains montrent de vastes zones inondées et des personnes ayant de l'eau jusqu'à la taille dans des villes des provinces orientales de Holguín, Camagüey, Santiago de Cuba et Las Tunas, ainsi qu'à Sancti Spíritus, dans le centre de l'île.
Des ponts, des routes et le système d'évacuation des eaux ont subi de lourds dégâts et le trafic ferroviaire entre La Havane et l'est du pays a été suspendu.
A Camagüey, capitale de la province du même nom, deux rivières ont débordé, provoquant des inondations dans une partie de la ville.
Selon l'Institut météorologique cubain, cette situation est liée à la présence d'une dépression sur le golfe du Mexique.
"Au cours des prochaines 24 heures, ces conditions d'instabilité atmosphérique se maintiendront sur l'ensemble du territoire national (...) et les précipitations et orages persisteront dans une grande partie du pays", en particulier dans le centre et l'est, a déclaré l'institut.