Une formation sur la métagénomique de terrain organisée à la Station scientifique des Nouragues

L’école thématique sur la métagénomique de terrain, discipline de la biologie moderne, est cofinancée par le labEx CEBA et France Génomique. Cette technologie ouvre de nouveaux horizons scientifiques dans la détection plus rapide et précise de pathogènes dans l’environnement ou pour le suivi des espèces sauvages. La Station scientifique Ides Nouragues, gérée par le CNRS est située à 150 kilomètres à vol d’oiseau du littoral en pleine forêt primaire.

Des scientifiques formés aux dernières technologies au cœur de la forêt guyanaise

Après 20 minutes de vol depuis l’héliport de Bélizon, chercheurs, ingénieurs, et doctorants débarquent à la station scientifique de l’Inselberg, impatients d’en apprendre plus sur le séquençage haut débit de l’ADN.

Cette technologie avancée est devenue indispensable pour le travail mené par Valérie Troispoux et Eliane Louisanna, deux chercheuses en écologie de Kourou.

Valérie Troispoux : « Je travaille à Ecofog, au laboratoire de génétique évolutive et écologie. Ce qu’on recherche, par exemple, ce sont les crottes de jaguar qui nous permettent de savoir quel est son régime alimentaire. Les séquences ADN des animaux retrouvés, peuvent nous renseigner. »

Éliane Louisanna s'intéresse, elle, aux fourmis : « Je travaille sur le régime alimentaire des fourmis. Ce n’est pas dans les crottes des fourmis mais directement dans l’intestin que l’on cherche. Les analyses des différents séquençages partent jusqu’à présent à l’étranger, en Suisse. Peut-être qu’avec cette école de formation, on va nous permettre de garder cette partie de l’analyse et de pouvoir la réaliser sur place. »

Damien Donato, technicien en virologie à l’Institut Pasteur fait partie lui aussi du groupe de scientifiques. Dans le domaine de la santé, la technologie permet de veiller et même, de prendre de l’avance sur les futures maladies transmises à l’homme par les animaux sauvages.

« Moi je travaille sur la diversité virale chez les animaux en Guyane, les rongeurs et les chauves-souris principalement. Donc le but, c’est de voir les nouvelles approches de séquençage qui peuvent permettre de découvrir de nouveaux virus potentiellement pathogènes pour l’homme. »

Dans une pièce fermée de la station scientifique des Nouragues, aménagée et climatisée, Nicolas Pollet, directeur de recherche génétique dans l’hexagone et formateur, a apporté les précieuses boîtes à séquençage. La dernière génération faite pour le terrain, tient dans une main. Ce qui était au départ une technologie réservée aux grosses équipes à la tête d’un budget conséquent, devient désormais presque un outil comme un autre.

« Cela ressemble à une mini-tablette avec un compartiment capable de lire l’ADN. En théorie, on peut connaître l’identité génétique par exemple de 50 000 espèces différentes. »

Place à la pratique. L’organisateur de la formation, Mathieu Chouteau, spécialiste en écologie évolutive au laboratoire LEIISA de Cayenne, entraîne le groupe sur un layon de la forêt. Il faut d’abord repérer quelques espèces cibles, parmi les plus nombreuses et faciles à piéger :

« C’est ce qu’on va faire là dans un instant. On extrait l’ADN, on séquence avec l’aide de cette technologie de terrain de nouvelle génération. On va avoir en fait un panorama de tous les animaux piqués par ce moustique dans les dernières semaines mais également tous les pathogènes qui sont transportés par ce moustique. »

Quelques heures suffiront pour un moindre coût, à dresser le portrait-robot des moustiques présents.

Mathieu Chouteau : « Tout le bénéfice de cette technique permet de faire un grand pas en avant et de ne plus être dépendant de ce qui se fait ailleurs dans le diagnostic médical. Nous sommes sur le front de ce qui se fait en Guyane. »

Au beau milieu de la forêt, chaque chercheur s’adonne à échantillonner les espèces sur lesquels il travaille.

« On va lancer le séquençage de crottes de jaguar…»

La nuit est tombée sur les Nouragues. À la fin des 5 jours, les scientifiques se seront familiarisés avec cette technologie avancée qui révolutionne leur domaine de recherche.