La prise de position de L’UNICEF est sans équivoque. Dans ce document de cinq pages, elle demande tout simplement, au même titre que la Commission Nationale Consultative des Droits de l'Homme, de renoncer à l'opération Wambushu.
L’agence de l’Organisation des Nations Unies s’inquiète « de l'impact que cette opération d'envergure risque d'avoir sur la réalisation des droits des enfants les plus vulnérables présents sur le territoire, notamment des mineurs étrangers et des mineurs en conflit avec la loi. »
L’UNICEF redoute que l'augmentation du nombre d'interpellations lors de l'opération, « implique mécaniquement une augmentation du taux d'erreurs dans la procédure d'éloignement. » Ce qui pourrait entraîner un nombre plus important d'enfants isolés à Mayotte.
Le fonds des nations unies pour l’enfance affirme également que dans le département, « les enfants et les jeunes sont souvent les premières victimes des carences et dysfonctionnements des services publics. » De plus, les mineurs étrangers seraient « stigmatisés dans les discours publics. » Une situation regrettable et qui doit cesser, selon l'organisme.
De ce fait, l’UNICEF préconise neuf recommandations parmi lesquelles, « assurer un relogement des familles dans des conditions adaptées à leur situation. Automatiser le suivi en santé mentale des enfants concernés par une opération de destruction d’habitat. Ou encore former l'ensemble des forces de l'ordre fixes et mobiles en poste sur le territoire aux approches à adopter en présence d'enfants et aux procédures applicables. »