C'est une affaire qui avait fait grand bruit. En 2016 , un an après son élection , le président Soibahadine Ibrahim a décidé une réorganisation des services du département avec la mise en place d'un nouvel organigramme. Cela avait suscité beaucoup d’indignation, notamment chez les syndicats qui dénonçaient entre autres des emplois de complaisance au bénéfice certains proches du président.
En 2019 , le président du département est mis en examen pour prise illégale d'intérêt et placé sous contrôle judiciaire. Une affaire réexaminée quelques années plus tard par le procureur de la Republique Yann Le Bris. Au vu des éléments de l'enquête , il a demandé un non-lieu. Une demande suivie par le juge.
Dans un communiqué, l'ancien président du département exprime son soulagement en ces termes :
« Je me félicite de ce non-lieu qui clôt définitivement un épisode humainement douloureux » indique Soibahadine Ibrahim Ramadani
Le président sortant du Conseil départemental Soibahadine Ibrahim Ramadani déclare :
« En 2019, alors à la tête de la collectivité départementale de Mayotte, j’ai été mis en examen pour prise illégale d’intérêt à propos de la mise en place d’une nouvelle organisation administrative. Je m’en suis naturellement défendu à l’époque avec véhémence, mais cette affaire a fait l’objet d’un très large écho médiatique, rejaillissant sur moi-même, sur plusieurs cadres et sur le Conseil départemental que je dirigeais. Aujourd’hui, la justice vient de m’accorder (ainsi qu’à neuf personnes : DGA et directeurs ) un non-lieu dont je me félicite évidemment parce qu’il met un terme définitif à des poursuites humainement douloureuses. Tout au long de mon engagement politique, j’ai fait de la probité et de l’exemplarité des principes quotidiens. Cela a guidé tout mon parcours d’élu de la République. Me voir aujourd’hui blanchi définitivement est donc très important parce qu’il en va de mon honneur, et ceux qui me connaissent savent combien c’est essentiel. Je suis un homme de modération et de mesure. Aujourd’hui, je veux juste dire combien c’est important pour moi que cette boucle soit positivement bouclée, comme elle l’est pour les 9 directeurs concernés. Si la décision n’efface pas ce que j’ai dû affronter à l’époque, elle vient entériner la fin des poursuites et surtout annuler les accusations dont j’ai fait l’objet. Je ne peux que m’en réjouir. Je remercie celles et ceux qui, aujourd’hui comme hier, m’ont apporté leur soutien. Là où je suis désormais, loin de la vie publique, je continuerai à ma façon de m’investir pour Mayotte et sa population".