Covid-19 : ce que l'on sait sur le variant Delta, détecté pour la première fois en Nouvelle-Calédonie

Il est finalement apparu en Nouvelle-Calédonie. Le variant Delta, qui fait des ravages dans le monde depuis plusieurs semaines, a été détecté pour la première fois sur le Caillou, en début de semaine chez deux personnes en sortie de quatorzaine, a annoncé le gouvernement mercredi 28 juillet. NC la 1ère fait le point sur ce que l'on sait à ce jour de cette nouvelle souche inquiétante du coronavirus. 

• Il est né en Inde

Le variant indien, que l'on appelle désormais le variant Delta, est aujourd'hui majoritaire en France. A la mi-juillet, il représente 55% des séquençages effectués contre 37% pour le variant Alpha, le variant anglais. Ce mutant du Sars‑CoV-2, a été détecté pour la première fois en Inde à la fin 2020 et il serait déjà présent dans 124 pays.

S'il est difficile de déterminer son origine, il semble qu'un rassemblement de plusieurs millions de personnes lors d’un festival religieux en Inde ait participé à son expansion. Officiellement, en Inde, plus de 420 000 personnes sont mortes du Covid-19 depuis le début de l'épidémie, avec une nette accélération ces dernières semaines à cause du variant. Mais les chiffres pourraient être nettement sous estimés. 

Depuis, ce variant s'est propagé à travers le monde, avec des symptomes un peu différents de la souche originelle. "Désormais, le symptôme numéro un est le mal de tête, suivi par le mal de gorge, l'écoulement nasal et la fièvre", détaille Tim Spector, professeur d'épidémiologie génétique au King's College de Londres. Il est arrivé en Polynésie à la mi-juillet où le nombre de cas explose depuis, en Australie, qui a poussé le pays à multiplier les confinements, et il fait des ravages en Indonésie. Il progresse aussi très rapidement en Martinique où un confinement est remis place à compter de ce week-end, pour trois semaines.

• Il est (beaucoup) plus contagieux que les variants précédents

On sait aujourd'hui que le variant Delta a une plus forte transmissibilité. Elle serait entre 60% à 80% supérieure à celle du variant Alpha (anciennement appelé variant anglais), alors que ce dernier, à l'origine de la troisième vague en France en mars 2021, était déjà 60% plus transmissible que la souche originelle de Wuhan en Chine. 

Selon une étude publiée dans la revue Virological, des scientifiques chinois ont déterminé que la charge virale des patients touchés par ce variant est 1 260 fois plus grande que celle des patients de la première vague du virus en 2020. Pour rappel, la charge virale permet d'évaluer la quantité de virus par millilitre de sang.

Pour aboutir à ce chiffre, ces scientifiques ont suivi une soixantaine de Chinois contaminés par le variant Delta. Ils ont effectué des tests PCR pour comparer leurs charges virales à celles de personnes contaminées par les premières souches du coronavirus. Une étude qui doit encore être validée par la communauté scientifique.

En revanche, le mode contamination reste le même. "On est probablement plus contagieux et plus précocement parce que le virus se multiplie plus vite et la quantité de virus dans le nez est beaucoup plus élevée", explique Sandrine Sarrazin, chercheuse Inserm au centre d’immunologie de Marseille-Luminy.

La contamination fonctionne-t-elle de la même manière avec le variant Delta ? "Oui, jusqu'à présent, nous n'avons eu aucune indication selon laquelle les modes de transmission seraient différents avec les nouveaux variants", affirme Alexandre Nicolas, chercheur du CNRS. pic.twitter.com/aPl5yR2B4Z

— franceinfo plus (@franceinfoplus) July 25, 2021

Sans oublier que son R0, le taux de reproduction de base d'une infection, est bien plus élevé que les précédentes souches. Rappelons que le R0 désigne le nombre de cas directement générés par un cas initial, soit le nombre moyen de personnes qu'une personne contagieuse peut infecter. Le président du Conseil scientifique en France, Jean-François Delfraissy, estimait le 9 juin, à 7,5 le R0 du variant Delta.

• Il se transmet plus vite

En parallèle, ces chercheurs estiment aussi que le variant Delta se transmet plus rapidement que les précédentes souches. D'après une récente communication de Santé publique France, le nombre de contaminations dues à ce variant en France double environ tous les cinq jours, alors qu'à l'été 2020, il fallait compter deux semaines. La raison : une vitesse de réplication plus élevée et une période d'incubation plus courte.

"Le virus a été détectable pour la première fois chez les personnes atteintes de la variante Delta quatre jours après l'exposition, contre une moyenne de six jours chez les personnes atteintes de la souche d'origine", détaillent les chercheurs chinois. De plus, les porteurs du virus sont contagieux dès le troisième jour. Autrement dit, parfois même avant que la personne contaminante ait, elle-même, des symptômes. 

• Le vaccin reste efficace 

Bonne nouvelle cependant. Cette charge virale élevée ne réduit pas l'efficacité des vaccins. C'est ce que confirme une récente étude publiée dans la revue médicale New England Journal of Medicine. Deux doses du vaccin Pfizer, majoritaire en France et administré en Nouvelle-Calédonie, sont efficaces à 88% contre les formes graves causées par le variant Delta. Mais attention, une dose n'est efficace qu'à 35%. Toujours d'après les laboratoires, le vaccin de Pfizer protège contre le variant Delta à hauteur de 64 % contre les infections et de 93 % contre les hospitalisations.

Concernant AstraZeneca, son efficacité est plus faible face aux formes symptomatiques de ce variant : 67% avec deux doses et 30% avec une seule dose. De façon plus générale, parmi les personnes de plus de 50 ans contaminées par le variant Delta, le taux de mortalité est de 1,41% pour celles qui ont reçu deux doses du vaccin - contre 3,9% pour les non-vaccinés.

• Il ne sera pas le dernier variant à apparaître

Le virus SARS-CoV-2 étant un être vivant, il peut évoluer. On le sait, la souche initiale du Sars-CoV-2, qui est apparue à la fin 2019 et s'est répandue dans le monde au fil des mois, a déjà muté plusieurs fois. Comment ? Lors d'une infection, de nouvelles particules virales sont reproduites et certaines d'entre elles peuvent muter. Avant le Delta, trois premiers variants importants ont été détectés fin 2020 : le variant Alpha, repéré au Royaume-Uni, le Bêta en Afrique du Sud et le Gamma au Brésil. Ils ont tous été suivis de vagues épidémiques importantes.

En juin 2021, un nouveau variant baptisé Delta Plus a été identifié en Inde. Il circule aujourd'hui sur le continent et il ressemble beaucoup au variant Beta, anciennement appelé variant sud-africain. "Pour le moment, nous manquons de données, c'est pour ça qu'il est encore un peu trop tôt pour déclarer le variant Delta Plus comme 'variant préoccupant' à l’échelle mondiale", note l'épidémiologiste Mircea Sofonea, contactée par franceinfo. 

Le reportage d'Erik Dufour et Nicolas Fasquel :