Il est créé les 22, 23 et 24 septembre 1984, à Nouméa. A l'époque, le FLNKS réunit des composantes de l'ex Front indépendantiste, des syndicats et des associations qui luttent pour l'indépendance kanak socialiste.
Contre le statut Lemoine
Il s'oppose au statut Lemoine qui ne tendrait pas assez vers son objectif d'émancipation du peuple kanak. Le 18 novembre 1984, le FLNKS appelle à boycotter les élections territoriales. Une image symbolise cette période, Eloi Machoro brisant l'urne dans la mairie de Canala. Les Evènements de 1984-1988 sont lancés.
Présidé par Jean-Marie Tjibaou
Le FLNKS compte dans ses rangs l'Union calédonienne, le plus ancien parti politique de Calédonie. Son président, Jean-Marie Tjibaou, devient le président du front, qui tient son congrès inaugural le 1er décembre au Mont-Dore, à la tribu de La Conception. Il est décidé la constitution d'un gouvernement provisoire de Kanaky et l'adoption du drapeau indépendantiste.
Quatre composantes
Au fil des années, la composition du front évolue. Finalement, le FLNKS sera représenté par l'Union calédonienne, le Palika, l'UPM et le RDO. Lors des référendums d’autodétermination, en 2018, 2020 et 2021. Le "Non" à la pleine souveraineté l’emporte. En 2021, la consultation est boycottée par les indépendantistes.
Réforme constitutionnelle
Lors du 41e congrès du FLNKS, à Nouméa en février 2023, la priorité est donnée à l’unité, pour échanger d’une seule voix avec l’Etat. Les discussions post-référendaires ne sont pas celles envisagées par l’Union calédonienne. L’UC n’accepte aucun recul, dit-elle, concernant les acquis de l’Accord de Nouméa. La Cellule de coordination des actions de terrain, qu’elle a impulsée, manifeste contre la loi constitutionnelle destinée à ouvrir le corps électoral pour les élections provinciales. Le vote de cette réforme met le feu aux poudres.
Unions et divisions
Le 31 août 2024, le Palika et l’UPM refusent de participer au quarante-troisième congrès du FLNKS, à Koumac. Ils ne reconnaissent ni la CCAT, ni la déclaration unilatérale de l’UC pour la souveraineté immédiate de Kanaky. Unions et divisions auront marqué ces quatre décennies. Un anniversaire qui n’a pas donné lieu, ce jour, à des célébrations particulières.